In Hamburg liegt auch das Institut für die Geschichte der deutschen Juden. Gegründet wurde es in den 1960er Jahren als erste Institution in Deutschland, die sich mit der deutsch-jüdischen Geschichte beschäftigt. Gründungsmotiv waren die zahlreichen Dokumente und Akten der jüdischen Gemeinde, die, anders als in anderen Städten, nach der NS-Zeit in Hamburg erhalten geblieben waren. Die Forschung des Instituts bezieht sich auf die ganze Geschichte der deutschen Juden, von Mittelalter bis heutzutage.

Ziele des Instituts sind heute unter anderem die Digitalisierung jüdischer Quellen, damit sie für die Zivilgesellschaft zugänglich gemacht werden. Außerdem streben die Wissenschaftler auch die Einbindung der jüdischen Geschichte in die allgemeine Geschichte an.
 
Viele Forschende des Instituts arbeiten in weiteren Projekten. Sie übernehmen Führungen für Schulklassen oder Interessierte, planen Vortragsreihen oder arbeiten in Kooperation mit den Geschichtswerkstätten. Eine der Wissenschaftlerinnen leitet den „Geschichtomat“, in dem Schulklassen sich mit den Spuren jüdischer Geschichte in ihrer Nachbarschaft beschäftigen. Zusammen versuchen diese Projekte, die Erinnerungskultur in Deutschland weiterzutragen.